食品微生物检测通常包括以下4个指标：菌落总数、大肠菌群、致病微生物、霉菌与酵母菌数。
菌落总数是指示性微生物，并非致病菌，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。菌落总数超标可能由于原料、包材或生产加工过程受微生物污染，生产加工过程中手工操作较多，人员、设备和环境的清洗消毒不到位，有灭菌工艺的产品灭菌不彻底等原因造成。食品菌落总数可以反映该食品被污染的程度、食品耐放程度以及食品腐败状况。
大肠菌群是通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被致病菌(如沙门氏菌、志贺氏菌、致病性大肠杆菌)污染的可能性较大。大肠菌群超标可能由于产品的加工原料、包装材料受污染，或在生产过程中产品受人员、工器具等生产设备、环境的污染、有灭菌工艺的产品灭菌不彻底而导致。大肠菌群可以作为粪便污染食品和肠道致病菌污染食品的指示君。
致病性微生物。食品生产时一个时间长、环节多的复杂过程。与食品有直接或间接关系的致病性微生物都有可能污染食品。能引起人类疾病和食物中毒的致病性微生物如沙门氏菌、葡萄球菌、链球菌、副溶血性弧菌、口蹄疫病毒等，能产生毒素并引起食物中毒的微生物如肉毒梭菌、葡萄球菌和产气荚膜杆菌，和某些真菌等。
霉菌与酵母菌数也作为评价食品安全卫生质量指示菌，并以霉菌和酵母菌数作为判定食品被霉菌和酵母菌污染程度的标志。霉菌污染可使食品腐败变质，破坏食品的色、香、味，失去食品的食用价值，并产生真菌毒素危害人类健康。霉菌超标的原因，可能是原料或包装材料受到霉菌污染;或者产品在生产加工过程中卫生条件控制不到位，生产工器具等设备设施清洗消毒不到位;或者产品储运条件不当而导致。
