肠道微生态是一个复杂的系统，肠道微生物群的复杂程度甚至超过基因组。
肠道中部分菌群及其代谢物在维持机体正常运转中起到了有利作用；但当肠道菌群失调时（即有害菌＞有益菌、中性菌），各种肠道疾病、慢性代谢性疾病将会找上门来，部分有害菌群及其代谢物甚至在影响着恶性肿瘤的发生与进展。
01、某些有害菌导致癌症发生
• 伤寒沙门氏菌和螺杆菌长期慢性感染胆管将增大患胆管癌的概率。
• 幽门螺杆菌长期慢性感染是引起胃癌的一大诱因。（幽门螺杆菌已经被WHO确定为Ⅰ类致癌物。）
02、肠道菌群失调影响某些癌症进展
结直肠癌
多项研究论文表明，结直肠癌患者的肠道微生物组呈现失调状态，相较于健康人的肠道黏膜微生物群，结直肠癌的患者菌群多样性显著降低。研究人员从结直肠癌患者的粪便中提取出粪便菌群，发现这些菌群可以诱导息肉形成，形成促癌信号。
另外，结肠腺瘤和结肠癌患者中，梭杆菌属细菌特别是具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）的水平升高。该菌的DNA在肿瘤细胞中普遍存在，并与淋巴结转移相关。它通过刺激结肠癌中的Wnt信号级联反应来促进癌症发生。
前列腺癌
南瑞士肿瘤研究所的Andrea Alimonti团队在《Science》上发表的研究论文Commensal bacteria promote endocrine resistance in prostate cancer through androgen biosynthesis初步讨论了肠道菌群与去势抵抗性前列腺癌之间的关系。
该研究发现：CRPC小鼠的肠道微生物群中富集着可将雄激素前体转化为活性雄激素的菌种。肠道菌群参与雄激素的合成，并且通过该方式促进前列腺癌的发展。
其他
除此之外，肠道微生物群还与其他恶性肿瘤有关，包括肝细胞癌和乳腺癌。某些细菌和病毒与细胞发育不良提高致癌率。
03、肠道菌群影响癌症治疗效果
肠道菌群不仅与肿瘤发生进展有关，还影响着某些癌症疗法的疗效。健康的肠道菌群可以提高某些癌症疗法的疗效，而肠道菌群失调将会反其道而行之。
肠道菌群影响化疗疗效
临床前研究表明，肠道微生物群会影响对化疗的反应。如肿瘤患者服用环磷酰胺会使肠道通透性增加。肠道通透性增加，细菌对肠粘膜表面粘液层的通过力提高，更多的细菌透过肠粘膜表面粘液层，刺激肠粘膜，导致固有层和效应淋巴结内的T helper 17 (TH17)细胞成熟，TH17细胞进而增加全身抗肿瘤效果。
肠道菌群影响PD-1疗效
早在几年前，就有研究者发现：对PD-1抑制剂无反应和对PD-1抑制剂有反应的癌症患者肠道中的微生物组成与丰度存在差异。后续的针对研究也证实了这点，肠道菌群参与了PD-1治疗癌症的过程，对PD-1药物的效果产生了极大影响，异常的肠道菌群会导致PD-1治疗癌症的疗效减弱甚至失去疗效。
2020年12月10日，以色列特拉维夫大学医学中心Gal Markel教授的研究小组发表在《Science》上的一篇论文Fecal microbiota transplant promotes response in immunotherapy-refractory melanoma patients证实：接受粪菌移植（FMT）可逆转部分患者对PD-1疗法无响应的情况。即，粪菌移植可以助力癌症治疗。
“肠道菌群移植”也称作粪便菌群移植（FMT），指“将从健康个体中提取出的粪便菌群进行培养，移植到患者的胃肠道以重建肠道菌群，治疗肠道及肠道外疾病”。
