农用微生物菌种主要有用于饲料发酵菌种、生物肥发酵菌种、生物农药菌种。
一、生物饲料发酵菌种
微生物饲料菌种不但可以弥补常规饲料中容易缺乏的氨基酸，而且能使其它粗饲料原料营养成份迅速转化，达到增强消化吸收利用效果。发酵饲料是以微生物、复合酶为生物饲料发酵剂菌种，将饲料原料转化为微生物菌体蛋白、生物活性小肽类氨基酸、微生物活性益生菌、复合酶制剂为一体生物发酵饲料。该产品不但可以弥补常规饲料中容易缺乏的氨基酸，而且能使其它粗饲料原料营养成份迅速转化，达到增强消化吸收利用效果。
发酵对象与分类
1、发酵全价饲料、浓缩料
取出全价饲料(使用浓缩料的按配好的全价饲料计算)按下面配比进行发酵。
2、发酵棉粕菜粕脱毒代替豆粕，另见说明书。
3、发酵生物豆粕代替鱼粉：可以适当加大菌种使用量，直接发酵豆粕转化成生物活性小肽后添加，另见说明书。
发酵方法
（以发酵1000公斤发酵饲料为例）
1、 发酵饲料原料与配方：配制好的发酵饲料1000公斤，水350-400公斤（夏天350，冬天400），菌种饲料发酵剂5公斤,100-200克纳豆菌。2、 制作稀释活化发酵液：将菌种5公斤饲料发酵剂和100-200克纳豆菌倒入350-400公斤水中搅拌均匀制成活化发酵液。3、 将制成的活化发酵液与1000公斤发酵饲料混合均匀，湿度以手捏成团不滴水，一触即散为宜。有搅拌机的大型养殖场将活化发酵液慢慢加入饲料中搅拌均匀即可；没有搅拌机的养殖户将活化发酵液慢慢少量喷到饲料上，用铁锹搅拌均匀，注意：不能有团块、水结块，用手将团块、水结块搓散搅拌均匀。 4、大型养殖场可以将配置好的饲料在地面压实堆成垛或者装入水泥池压实，用塑料薄膜密封或者使用厚实的不透气的塑料碎团块、水结块。
使用功效：
1、本品占全价配合饲料的5-30%，一般情况下为10%合适，配制母猪饲料时，建议用量不超过20%。本品按比例配合均匀后饲喂，现配现喂，可干喂也可湿喂，自由饮水。
2、打开包装袋一角可与粉料或颗粒料等不同料型搭配饲喂。
3、本品可作为乳猪断奶前后的诱食饲料，饲喂后乳猪可平稳度过断奶期，防止出现应激反应和腹泻。
4、遇到仔猪黄白痢或生长缓慢的僵猪可适当将发酵饲料添加比例增加至20%添加，可有效防治仔猪黄白痢，促进僵猪快速生长。
5、母猪产后不食或泌乳不足或乳猪黄白痢，可将母猪饲料中发酵饲料添加比例增加至20%。
注意事项：
1、开袋后尽快用完，本品颜色稍有变化、有结块不影响使用性能；
2、初始饲喂时，因适口性好，而乳猪仔猪消化机能尚不健全，要防止乳猪仔猪采食过饱而引起消化不良，采用少喂多餐3-5天过渡即可；
3、5-9月份高温天气，现配现喂，1-2天用完；如混本品后存放时间较长，请将发酵饲料添加比例减少到5%，以防止水分超标发热。
生物肥发酵菌种
生物有机肥是有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经生物肥菌种发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料。
二、生物肥料发酵菌种
种类
农家肥：堆肥，沼渣等。
商品生物有机肥：商品化生产的生物有机肥。即农家肥商品化生产后的产物。
优点
1 生物有机肥与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
2 生物有机肥与精制有机肥相比：
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1）生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2）生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3）生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4）生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5）生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
3 生物有机肥与农家肥的区别：
1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到97%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4 生物有机肥与生物菌肥的区别：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在800元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
国家标准
中华人民共和国农业行业标准（NY 884—2004）
生物有机肥
2005-01-04发布 2005-02-01实施
中华人民共和国农业部 发布
前言
本标准由中华人民共和国农业部种植业管理司提出。
本标准起草单位：农业部微生物肥料质量监督检验测试中心、中国农业科学院土壤肥料研究所、广州益元生物科技有限公司技术部。
本标准主要起草人：申望平、沈德龙、李俊、姜昕、陈慧君、曹凤明、关大伟、李力。
制作方法
可根据当地的原料进行制作，如城市生活垃圾和各种农作物秸秆、树叶杂草、瓜藤、稻草、松壳、花生壳、锯木屑、谷壳粉、统糠、水果渣、干蔗渣、食用菌渣、酒糟、啤酒糟、糖渣、醋渣、淀粉渣、木薯渣、柠檬酸渣、酱油渣、味精渣、粉渣、豆腐渣、药渣、油渣、油饼粕、糠麸、棉菜粕、霉变饲料、污泥、糖厂啤酒厂渣泥、屠宰下脚料、潲（泔）水、剩饭菜、人动物粪便等废弃物。 [1] 发酵肥料操作过程：
1、菌种一般用量为0.2%--0.5%。
2、原辅料及要求：主要物料：水果渣、干蔗渣、食用菌渣、酒糟、啤酒糟、糖渣、醋渣、淀粉渣、木薯渣、柠檬酸渣、酱油渣、味精渣、粉渣、豆腐渣、药渣、油渣、油饼粕、糠麸、棉菜粕、霉变饲料、污泥、糖厂啤酒厂渣泥、屠宰下脚料、潲（泔）水、剩饭菜、人动物粪便等大宗物料。辅料：各种农作物秸秆、树叶杂草、瓜藤、稻草、松壳、花生壳、锯木屑、谷壳粉、统糠等干燥、粉碎、高碳即可。
3、原辅料配比：主料∶辅料=5:1-3:1。
4、水分控制在60-65%，手抓物料成团刚好出水。
5、按要求将菌种、主料和辅料全部混合均匀。
6、环境温度15℃以上，一次堆料不少于4方，堆成宽1.5～2米、高0.6米左右、长度不限的堆，并用棍在堆内打通气孔。
7、堆温升至50℃时开始翻倒，每天一次，如堆温超过65℃，再加次翻倒。温度控制在70℃以下，温度太高对养分有影响。
8、腐熟标志：堆温降低，物料疏松，无物料原臭味，稍有氨味，堆内产生白色菌丝。
9、腐熟的原肥：直接使用，生产商品有机肥、生物有机肥、有机无机复混肥、生物有机无机复混肥等。
注意：视水分多少增减配比，发酵混合物的总水分应控制在60～65%。过高过低均不利于发酵，水过少，发酵慢；水过多会导致通气差、升温慢并产生臭味。水分合适与否判断办法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地即散。如果按每吨添加1公斤尿素或10公斤过磷酸钙发酵效果更好。
三、微生物农药菌种
生物农药（Biological pesticide)是指利用生物活体（真菌，细菌，昆虫病毒，转基因生物，天敌等）或其代谢产物（信息素，生长素，萘乙酸，2，4-D等）针对农业有害生物进行杀灭或抑制的制剂。
基本介绍
生物农药是指利用生物活体（真菌，细菌，昆虫病毒，转基因生物，天敌等）或其代谢产物（信息素，生长素，萘乙酸钠，2，4-D等）针对农业有害生物进行杀灭或抑制的制剂。又称天然农药，系指非化学合成，来自天然的化学物质或生命体，而具有杀菌农药和杀虫农药的作用。生物农药包括虫生病原性线虫、细菌和病毒等微生物，植物衍生物和昆虫费洛蒙等。生物农药在有机农业使用的整合害虫管理系统(IPM)中扮演重要的角色。专家研究认为生物农药的发展有以下几个原因：农药造成的环境污染，其目标族群逐渐养成的抗药性，以及农药对于非目标族群的负面影响。过去三十年来，化学家，生化学家，毒理学家，以及IPM专家一起研究从植物衍生的新一代化合物，具有管理害虫的效力和最低程度的环境不良影响。第一代的生物农药包含尼古丁，生物碱，鱼藤酮类，除虫菊类和一些植物油等，在人类历史上已有相当的使用时间。在1690年，烟草的水溶性成份就用于对抗谷类的害虫。除虫菊也是常见的蚊香的主要成份。生物农药的市场占有率仍然相当有限，在1995年，生物农药占世界农药总销售量的1.3%。许多因素限制了生物农药的成长：生物农药通常不具广效性，和化学农药相比效果较为缓慢，有效期限较短而成本较高。然而，相对于化学农药在许多国家的市场需求停滞不前或减退，生物农药具有良好的发展前景。在未来数年内，化学农药的预估市场成长率约为2%，生物农药则为10-15%。日益成长的有机农业，使得生物农药的需求逐渐上扬。另一方面，生物农药也应该像化学农药一样，接受其对健康，食物，生态系统和环境安全的审慎评估。生物农药是天然存在的或者经过基因修饰的药剂，与常规农药的区别在于其独特的作用方式、低使用剂量和靶标种类的专一性。随着科学技术的迅速发展，生物农药的范畴不断扩大，涉及到动物、植物、微生物中的许多种类及多种与生物有关的具有农药功能的物质，如植物源物质、转基因抗有害生物作物、天然产物的仿生合成或修饰合成化合物、人工繁育的有害生物的拮抗生物、信息素等。
生物农药是指利用生物活体或其代谢产物对害虫、病菌、杂草、线虫、鼠类等
有害生物进行防治的一类农药制剂，或者是通过仿生合成具有特异作用的农药制剂。关于生物农药的范畴，国内外尚无十分准确统一的界定。按照联合国粮农组织的标准，生物农药一般是天然化合物或遗传基因修饰剂，主要包括生物化学农药(信息素、激素、植物调节剂、昆虫生长调节剂)和微生物农药(真菌、细菌、昆虫病毒、原生动物，或经遗传改造的微生物)两个部分，农用抗生素制剂不包括在内。我国生物农药按照其成分和来源可分为微生物活体农药、微生物代谢产物农药、植物源农药、动物源农药四个部分。按照防治对象可分为杀虫剂、杀菌剂、除草剂、杀螨剂、杀鼠剂、植物生长调节剂等。就其利用对象而言，生物农药一般分为直接利用生物活体和利用源于生物的生理活性物质两大类，前者包括细菌、真菌、线虫、病毒及拮抗微生物等，后者包括农用抗生素、植物生长调节剂、性信息素、摄食抑制剂、保幼激素和源于植物的生理活性物质等。但是，在我国农业生产实际应用中，生物农药一般主要泛指可以进行大规模工业化生产的微生物源农药。
优点
生物农药与化学农药相比，其有效成分来源，工业化生产途径，产品的杀虫防病机理和作用方式等诸多方面，有着许多本质的区别。生物农药更适合于扩大在未来有害生物综合治理策略中的应用比重。概括起来生物农药主要具有以下几方面的优点。
1、选择性强，对人畜安全
市场开发并大范围应用成功的生物农药产品，它们只对病虫害有作用，一般对人、畜及各种有益生物(包括动物天敌、昆虫天敌、蜜蜂、传粉昆虫及鱼、虾等水生生物)比较安全，对非靶标生物的影响也比较小。
2、对生态环境影响小
生物农药控制有害生物的作用，主要是利用某些特殊微生物或微生物的代谢产物所具有的杀虫、防病、促生功能。其有效活性成分完全存在和来源于自然生态系统，它的最大特点是极易被日光、植物或各种土壤微生物分解，是一种来于自然，归于自然正常的物质循环方式。因此，可以认为它们对自然生态环境安全、无污染。
3、诱发害虫患病
一些生物农药品种(昆虫病原真菌、昆虫病毒、昆虫微孢子虫、昆虫病原线虫等)，具有在害虫群体中的水平或经卵垂直传播能力，在野外一定的条件之下，具有定殖、扩散和发展流行的能力。不但可以对当年当代的有害生物发挥控制作用，而且对后代或者翌年的有害生物种群起到一定的抑制，具有明显的后效作用。
4、可利用农副产品生产加工
目前国内生产加工生物农药，一般主要利用天然可再生资源(如农副产品的玉米、豆饼、鱼粉、麦麸或某些植物体等)，原材料的来源十分广泛、生产成本比较低廉。因此，生产生物农药一般不会产生与利用不可再生资源(如石油、煤、天然气等)生产化工合成产品争夺原材料.
四、资源状况
我国是生物多样性最为丰富的国家之一，由于历史的原因，从微生物资源的保藏数量、保藏质量，远远落后于日本、美国等生物多样性不丰富的国家，对微生物资源的研究也与资源大国的地位不符，微生物资源收集、保存、研究的积累量偏低将成为微生物学研究及产业发展的瓶颈。微生物的类群多样性最丰富，功能也多种多样，微生物新种属的发现认知，将是一个长期的过程。从巴斯德研究酵母发酵开始算人类有意识利用微生物资源开始的话，至今已有100多年的历史，20世纪50年代后，则是大规模利用微生物资源的黄金期，并且取得了辉煌的成就。80年代以后，由于分子生物学技术的发展，才意识到我们所认识的微生物仅仅是实有数的1%～10%，甚至不到千分之一。例如，我们所知道的真菌仅占5%，实际可能有150多万种，所知道的细菌仅占12%，实际可能有4万种。如果说我们所认识到的微生物资源仅占实有数的10%，实际被人们利用的不到0.1%，对微生物功能多样性的认识有待于进一步加强，微生物的开发利用有巨大的提升空间。ICCC-11会议上的微生物生态型（phenotype）的提出，对于理解、研究微生物资源的多样性具有深刻意义。
我国的微生物菌种资源保藏开展时间较早，但发展过程比较曲折。我国近代微生物菌种保存始于上个世纪20年代，但只有零星的菌种存放在有关酿造实验室，建国之前，国家一直处于战乱时期，对微生物种质资源收集、保藏工作不重视，没有专门的机构，菌种保藏、检测、鉴定技术及设施相当落后，将数量比较多的菌种资源加以收集、保存，则是30年代后期方心芳先生在黄海化学工业研究社进行的。建国后一些研究单位相继成立了微生物菌种保藏组，如中国农业科学院土壤肥料研究所，收集以根瘤菌以微生物肥料、农用抗生素等农业微生物菌种中国医药生物制品检定所，收集医学细菌微生物菌种等。1979年，在原国家科委的组织领导下，召开了第一届全国菌种保藏会议，成立了中国微生物菌种保藏管理委员会，成立了6个专业性保藏管理中心。1984年7月，召开了第二届全国菌种保藏会议，成立了第七个专业性保藏管理中心，分别是普通微生物、农业微生物、工业微生物、兽医微生物、林业微生物、医学微生物、抗生素（后改为药用微生物）菌种中心，7个中心在各自专业领域内收集、鉴定、评价、保藏、供应微生物菌种，并承担国际交流任务。此后教育部与国家海洋局成立典型培养物和海洋微生物菌种保藏管理中心。在我国除分布有以上9个微生物菌种保藏管理中心外，一些大学、研究所的科研人员，也从事专业、特色微生物菌种资源的收集、鉴定、保藏工作，如中国农业大学根瘤菌微生物菌种保藏中心等。自2003年开始，在微生物项目组的组织协调下，在全国范围内形成了以9个中心为核心，以专业特色收集、保藏、鉴定为支撑的微生物菌种资源共享服务网络，多次出版菌种目录，开发建设了10个网站，以及数据库检索系统，长期以来，一直有专门的科技人员从事微生物菌种的鉴定、保藏、评价、供应以及共享交流等服务。
参与项目建设的单位隶属于农业部、教育部、中国科学院等8个部门， 参与项目建设的80余个课题单位，分布于23个省27个城市。共计约有970余人参与项目工作，在项目人员组成中，其中，高级职称人员470余人，中级职称人员280余人，初级职称人员140余人，其他人员80人，其中博士260余人，硕士240余人，学士280人，其他学历180余人。
根据《微生物菌种资源共性描述规范》，结合微生物菌种保藏工作的需要，并参考OECD的BRC工作组建议的微生物菌种数据信息内容，由项目承担单位完成与E-平台对应的统一数据结构、统一功能的微生物菌种资源信息管理模块系统的开发工作，提供项目参加单位使用。该模块包括微生物菌种资源信息数据库、培养基数据库、文献数据库和资源管理单位信息数据库，共包括111个数据项，涵盖了菌种名称、来源、生物安全、用途、培养及保藏方法、共享利用、文献、分类学特征（形态、理化性状、化学和分子特征）、以及资源管理单位信息等多个方面，80%以上的资源进行了数据化管理。并根据实际应用情况、共性描述标准的修订、以及E-平台的需要，不断进行调整和功能完善。此外，项目组根据“择需择重”的原则，项目组开发了细菌、酵母、放线菌、小型丝状真菌、食用菌、病毒等数据库数据库。
五、保藏方法
传代保存法
有些微生物当遇到冷冻或干燥等处理时，会很快死亡，因此在这种情况下，只能求助于传代培养保存法。传代培养就是要定期地进行菌种转接、培养后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生产菌种的保存。
传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰富，尤其是碳水化合物的浓度应在可能的范围内尽量降低。培养温度通常以稍低于最适生长温度为好。若为产酸菌种，则应在培养基中添加少量碳酸钙 [3] 。
液体石蜡覆盖保存法
该法较前一种方法保存菌种的时间更长，适用于霉菌、酵母菌、放线菌及需氧细菌等的保存。此法可防止干燥，并通过限制氧的供给而达到削弱微生物代谢作用的目的。其具有方法简便的优点，同时也适用于不宜冷冻干燥的微生物(如产孢能力低的丝状菌)的保存，而某些细菌如固氮菌、乳酸杆菌、明串珠菌、分枝杆菌、红螺菌及沙门氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克银汉霉、毛霉、根霉等不宜采用此法进行保存。
悬液保存法
即使微生物混悬于适当溶液中进行保存的方法，常用的有：
蒸馏水保存法：适用于霉菌、酵母菌及绝大部分放线菌，将其菌体悬浮于蒸馏水中即可在室温下保存数年。本法应注意避免水分的蒸发。
糖液保存法：适用于酵母菌，如将其菌体悬浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗处保存，可长达10年。除此之外，也可使用缓冲液或食盐水等进行保存。
载体保存法
将微生物吸附在适当载体上进行干燥保存的方法，常用的有方法包括以下几种：
土壤保存法
主要用于能形成孢子或孢囊的微生物菌种的保藏。方法是在灭菌的土壤中加入菌液，立即在室温下进行干燥或使菌体繁殖后再干燥，然后冷藏或在室温下密封保存。保存用的土壤原则上以肥沃的耕土为宜，土壤需风干、粉碎、过筛和灭菌。
使微生物在土壤中繁殖后进行干燥保存的方法是：取适量土壤(5克)置于塞有棉塞的试管中，加水或加入充分稀释的液体培养基(以含水量为土壤最大持水量的60%为宜)，然后高压灭菌。再将需保存的微生物进行大量接种，培养至菌丝能用肉眼确认的程度为止，移入干燥器中经短时间干燥或风干后密封，冷藏或室温保存。
砂土保存法
取清洁的砂，过60目筛去掉大砂粒，并用磁铁吸去砂中铁屑，再用NaOH溶液、10% HCl溶液和水交替清洗数次，干燥后，置于试管或安瓶管中保持2～3cm深，再经干热灭菌后，加入1ml菌种培养液，经充分混匀后，放入真空干燥器中，完全干燥后熔封保存。也可用二份洗净的砂(经HCl预处理)和一份贫瘠、过筛的黄土搀和后灭菌，再进行菌种保藏。
硅胶保存法
以6～16目的无色硅胶代替砂子，干热灭菌后，加入菌液。加菌液时，由于硅胶的吸附热常使温度升高，因而需设法加以冷却。
磁珠保存法
将菌液浸入素烧磁珠(或多孔玻璃珠)后再进行干燥保存的一种方法。在螺旋口试管中装入1/2管高的硅胶(或无水CaSO4)，上铺玻璃棉，再放上10～20粒磁珠，经干热灭菌后，接入菌悬液，最后冷藏、室温保藏或减压干燥后密封保藏。本法对酵母菌很有效，特别适用于根瘤菌，可保存长达两年半时间。
麸皮保存法
在麸皮内加入60%的水，经灭菌后接种培养，最后干燥保藏。
纸片(滤纸)保存法
将灭菌纸片浸入培养液或菌悬液中，常压或减压干燥后，置于装有干燥剂的容器内进行保存。
寄主保存法
微生物侵入其寄主后加以保存的方法。
冷冻保存法
适用于抗冻力强的微生物。这些微生物可在其菌体细胞外遭受冻结的情况下而不受损伤，而对其它大多数微生物而言，无论在细胞外冻结还是在细胞内冻结，都会对菌体造成损伤。
常用的冷冻保存法
低温冰箱保存法(-20℃、-50℃或-85℃)：低温冷冻保存时使用螺旋口试管较为方便，也可在棉塞试管外包裹塑料薄膜。保存时菌液加量不宜过多，有些可添加保护剂。此外，也可用φ5mm的玻璃珠来吸附菌液，然后把玻璃珠置于塑料容器内，再放入低温冰箱内进行保存的。
干冰保存法(-70℃左右)：即将菌种管插入干冰内，再置于冰箱内进行冷冻保存。
液氮保存法(-196℃)：是适用范围最广的微生物保存法。
冷冻干燥保存法
它的原理是首先将微生物冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分。从菌体中除去大部分水分后，细胞的生理活动就会停止，因此可以达到长期维持生命状态的目的。该方法适用于绝大多数微生物菌种(包括噬菌体和立克次氏体等)的保存。
