云南省农业科学院农产品加工研究所建成云南首个食品微生物专用菌种库——云南省农业科学院发酵食品微生物菌种库。目前该菌种库保藏菌株10600份，部分菌种及发酵工艺技术已在全省发酵食品加工企业推广应用，为打造世界一流"绿色食品牌"提供了有力的菌种保障。
微生物菌种资源是国家战略性生物资源之一，是农业、林业、工业等产业持续发展的重要物质基础，是支撑微生物科技进步与创新的重要科技基础条件，与国民食品、健康、生存环境及国家安全密切相关。自1999年起，微生物资源的收集、整理、保藏就被列为国家科技基础性工作专项之一。
云南凭借独特的地理优势，孕育了丰富的菌种资源。云南省农科院加工所作为云南省唯一专业从事农产品加工关键共性技术研究的省级一类公益性科研事业单位，以保护、应用和开发云南农业微生物资源为己任，2018年以来，集全所精锐专业技术人员开展菌种收集保存工作。2021年8月，加工所依托云南省重大科技专项"发酵蔬菜加工关键共性技研究与产业化"项目和云南省农科院"绿色食品牌打造科技支撑行动"项目建成了云南首个食品微生物专用菌种库——云南省农业科学院发酵食品微生物菌种库，目前已保藏菌株10600份，涵盖11个目、17个科、43个属、128个种。
菌种库现有食品微生物涵盖细菌和真菌两个大类，其中以用于蔬菜及乳制品发酵的乳酸菌、用于豆类发酵的芽孢杆菌、用于肉制品发酵的葡萄球菌，以及能产生特色发酵香气的酵母菌为特色保藏菌种。部分菌种及发酵工艺技术已在我省发酵食品加工企业推广应用，如直投式泡芥菜专用菌剂在云南宏斌绿色食品集团有限公司示范，使产品发酵周期由5周缩短至2周；为腾冲艾爱摩拉牛乳业有限责任公司开发发酵黄油、冻干酸奶全套生产工艺。菌种库还致力于为企事业单位提供相关服务，为云南欧亚乳业有限公司提供菌种收集保藏技术服务，为云南西草资源开发有限公司、云南钱氏食品有限公司、云南瑞通牧业科技开发有限公司等企业的产品研发提供了菌种及配套服务，与省内外高校、科研院所开展了菌种交换性共享、合作研究共享。
目前，加工所正在不断扩充菌种资源，计划覆盖到各类低纬高原特色食品微生物，进一步打造集收集、整理、保藏、鉴定评价、智能化管理、高效利用和共享为一体的公益性综合服务平台，为云南"绿色食品牌"本土差异化资源开发提供菌种保障，为我省生物产业绿色发展和科技进步提供强有力的科技服务支撑。
