人体所携带的微生物总量十分巨大，这些微生物分布于人体各处，包括肠道、口腔、皮肤、呼吸道等部位，这些分布在人体不同组织结构的正常菌群各自有着不相同的生理功能，以肠道菌群数量最多最具代表性。下面来简单介绍人体微生物的几个聚集区域：
一、皮肤微生物
皮肤微生物是指在皮脂腺管中有厌氧的疮庖丙酸杆菌以及表皮葡萄球菌。
此外，皮肤表面还栖居着金黄色葡萄球菌、链球菌、棒杆菌、微球菌以及白色念球菌和皮癣菌等皮肤正常菌群。可以说皮肤正常菌群是人体第一道生物屏障，它对于皮肤的营养代谢和体温调节等具有重要生理作用。
二、口腔微生物
口腔黏膜上栖息着卟啉单胞菌、梭杆菌、普氏杆菌、消化链球菌以及溶血链球菌、乳酸杆菌、变形链球菌、韦荣球菌、金黄色葡萄球菌、衣氏和内氏放线菌以及白色念球菌等。
其生理功能是在维持口腔洁净，抵御致病菌生物侵袭(防止病从口入)，促进免疫功能等方面发挥重要作用。
三、肠道微生物
肠道微生物一般分为两种，第一种称为正常菌群，还有一种称为过路菌群，又称外籍菌群。
肠道正常菌群包括：胃内黏膜定植着酵母菌、螺旋菌、乳杆菌、少量球菌。
小肠由于肠蠕动过快，很少有常住菌定植，只有肠球菌、乳杆菌、肠杆菌等过路菌；
结肠定植着大量正常菌群，差不多有1013CFU/g肠内容物，即千百兆个活菌。
它们由类杆菌、双歧杆菌、优杆菌、梭菌、消化链球菌、韦荣球菌、乳杆菌、大肠杆菌、肠球菌等差不多50个菌属400~500个菌种组成。
肠道正常菌群对人体来说十分重要，在维持机体生物、化学、免疫屏障以及对宿主营养、健康、抵御致病微生物侵袭、提高定植抗力、免疫、抗肿瘤、抗衰老等方面发挥重要的生理作用。
四、呼吸道微生物
呼吸道正常菌群是在人出生大致12-15h后,鼻、咽、喉部(即上呼吸道)出现正常菌群。
先是需氧菌如表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌、链球菌和汉森氏球菌、韦荣球菌、嗜血杆菌等，继而也出现厌氧菌如普氏杆菌、卟啉单胞菌和韦荣球菌。呼吸道正常菌群对维持呼吸道健康，刺激机体局部免疫功能，保护机体免受致病菌侵袭等方面起重要作用。
