在影响食品安全的诸多因素中，微生物污染高居首位。微生物污染分为3类，即细菌污染、真菌污染和病毒污染。
食品行业的微生物污染主要说的是两种，一种是引起食物腐败变质的微生物，另一种是食源性病原微生物，包括沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特菌、大肠埃希氏菌O157:H7、阪崎肠杆菌等病原菌。
由于微生物具有较强的生态适应性，食品原料在种植、收获、饲养、捕捞、加工、包装、运输、销售、保存及食用等众多环节都可能被微生物污染。
病原微生物污染和化学污染都会威胁食品安全和人类健康，但是由于微生物在空气、水、人体等环境中无所不在，这使其成为食品加工过程中一种无法杜绝的污染。
现代食品安全管理中，微生物污染是头等大事，食品生产者必须足够重视才有可能将其危害控制在安全水平之内。
致病性微生物可能会引起食源性疾病
致病性微生物都属于一种病原体微生物，它们最大的特点就是可以在食品中进行大量繁殖。通常情况下，大部分微生物有季节性特点，在5月~10月比较活跃。
在食品微生物安全领域，微生物一般分为致病性微生物和非致病性微生物。一般常检测的致病微生物有沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特菌、大肠埃希氏菌O157:H7、阪崎肠杆菌等病原菌。
致病性微生物引起的食源性疾病是全世界头号食品安全问题。据公开报道，20世纪80年代，因为生吃毛蛆，引起上海30万人甲肝流行。虽然甲肝对人并不足以致死，但引起30万人流行足以引起重视。
危害性极大的细菌若被普通人食用，可能会发生中毒或者感染的现象，影响着人类的身心健康。
