四川省微生物学会是在四川省科学技术协会直接领导和中国微生物学会指导下，在四川省民政厅注册成立的合法地方学术性团体。四川省微生物学会成立于1982年10月，挂靠在成都生物制品研究所。学会于2009年12月20日在成都召开了第五届理事扩大会议，选举产生了第五届理事会代理理事长吴永林。现任代理事长为葛永红研究员，代理秘书长屈戈。
学会下设有农业微生物学（四川农业大学）、工业微生物学（中科院成都生物研究所）、医学微生物学（四川大学华西医学中心）、畜牧兽医微生物学（成都药械厂）和基础微生物学（四川大学生命科学院）5个专业委员会。
学会在西部大开发等形势下不断发展壮大，组织开展的各项学术交流活动、会议，包括邀请国内知名专家学者来川作专题讲座，大专院校或同行单位开展的技术交流与合作，积极组织会员参加全国分子微生物学术会议、国际生物固氮学术交流会等会议进行学术交流。使微生物学会在立足自身优势和特点的基础上，在两个文明建设服务中，发挥了科技兴川的带头作用。
学会同时积极开展国际合作，建立了和英国、美国、日本、芬兰、澳大利亚等国家的人才交流系统和技术合作（如：考察食用菌现状、引进菌毒种、聘请国外专家来华指导工作等），体现了科学技术跨越式发展的创新模式。
学会自成立以来共计召开了全省学术年会10余次，举办大型学术活动11次，小型学术活动千余次，评选优秀论文800多篇，交流论文约2000篇，涌现了一批青年科技工作者，展示出我省微生物学事业高层次的学术水平和欣欣向荣景象。
学会还对历年来在学会工作做出无私贡献的、因身体或工作原因不再担任学会理事的同志给予高度评价，并颁发了荣誉证书以示尊重。
1998年重庆成为直辖市后，学会与重庆市微生物学会进行了工作交接，在召开庆祝本会成立十五周年的大型学术会议中，对重庆市微生物会员与四川省微生物学会成立走过的风雨历程以及在四川省微生物学会工作中所作的贡献给予了充分的肯定。
30年来，学会在全省广大会员的共同努力下，在专业领域为四川省经济建设和科技发展做出了成绩。学会通过各种活动展示了四川省微生物学工作者的科技成果，提供了培养和发现青年科技人才的平台，促进工业、农业、医学、畜牧兽医微生物学等行业的技术进步。学会研究提出了微生物学领域研究中的可持续发展计划，并尽力与经济建设、决策咨询、生产活动结合。
四川省微生物学会第五届理事扩大会议 2009，12. 成都
