上海市微生物学会创建于1953年5月，现有注册会员561名。学会下设基础微生物学、医学微生物学、病毒学、工业微生物与生物工程、环境微生物学、海洋微生物学、兽医微生物学、食品微生物学等八个专业委员会，医学真菌学专业委员会正在筹建中。另设有组织、学术、普及与教育、国际交流、咨询等五个工作委员会。现任理事长为戚中田教授。
上海是我国微生物学研究和应用的重要基地之一，拥有一批微生物学界知名的专家学者、两院院士。在上海市社会团体管理局和上海市科协的领导下，在中国微生物学会的业务指导下，经过历届理事会和广大会员的共同努力，上海市微生物学会已经发展成为组织健全、管理规范的学术性群众团体。多年来，连续获得中国科协“学会之星”，和上海市科协“三星级”、“二星级”学会等荣誉称号。
学会本着促进学科发展，加强学术交流，努力为广大会员服务的理念，积极开展各类学术活动。定期召开学术年会，邀请权威专家做主题演讲，增进全市微生物学者的交流。作为学会的品牌活动，每年举行2～3次不同主题的“青年微生物学者论坛”，由来自全市各单位的研究生和青年学者汇报科研进展，研讨学科前沿问题。各专业委员会也按照各自专业方向的特点，积极组织学术活动和参观交流。近年来，每年举办、协办国际国内大、中型学术会议5～10次，其他各类活动数十次，受到会员的好评。
学会发挥上海的地理优势和拥有众多教学科研单位特点，每年接待来自世界各地的微生物学学者数十批次，其中包括诺贝尔奖获得者、国际微生物学联合会和外国微生物学会主席等。与欧、美、日、韩等国家和地区定期举办双边、多边学术交流，就新现和再传染病、环境微生物学、食品微生物学等热点议题举行交流。参与主办了第十五届国际放线菌大会等大型国际学术会议。这些活动增进了学会会员对国际微生物学界的了解，也增进了国际微生物学界对中国微生物学界的认识。
学会积极开展各类咨询工作，积极为政府决策提供科学依据，为企业发展提供技术支撑。每年举办十多次有关农业、工业和医药微生物学的培训和咨询活动，服务面覆盖全国各地。学会把科学普及工作当作最重要的任务之一，积极动员会员参加各类科普活动。与有关单位合作开展了“微生物知识进校园、进社区”的活动，收到了较好的效果。会员以撰写科普书籍、科普文章、开设网页、电视传媒等各种方式积极宣传微生物学知识。积极辅导中小学生的科学创新活动，每年都有数十个微生物学科的创新项目脱颖而出，在各类比赛中获得奖励，提高了中小学生对微生物学的认知和对微生物学科学研究的兴趣。
上海市微生物学积极参与组织中国微生物学会及各专业委员会的各项学术活动。焦瑞身、闻玉梅、杨胜利、赵国屏、邓子新等教授先后担任中国微生物学会理事长，多位专家参加了中国微生物学会及各专业委员会的工作，为学会建设和我国微生物学事业的发展付出了心血。
展望未来，上海市微生物学会将发挥好党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带作用，努力为广大会员服务，推动学科发展、人才成长、知识普及。微生物学既是一门基础学科，又和工农业生产、人类健康、环境保护等重大课题密切相关。学会将积极动员广大会员在经济转型升级、社会和谐发展中做出更大的贡献。
第二届全国微生物基因组学学术研讨会暨祝贺焦瑞身先生九十寿辰2008,8 上海
上海市微生物学会：http://www.ssmsh.org.cn
