1952年中国微生物学会正式成立时，为便于在北京地区的微生物学工作者及时进行学术交流，于1952年11月，医学病毒学家汤飞凡筹建了北京分会（即北京微生物学会前称）。医学微生物学家、医学真菌学家郭可大被推荐为理事长，11名理事包括工业、农业、医学、兽医等微生物学专家和病理学、寄生虫学方面的专家。北京分会接受“中华全国自然科学专门学会联合会北京分会（简称科联）”的领导，组织多次学术讲演和参与“科联”活动。
1954年5月29日经北京市民政局批准[民社（54）字122号文件]，于1954年6月3日由原中央卫生部北京生物制品研究所所长汤飞凡教授组织，与工业微生物学家方心芳、上海医学院余㵑教授发起正式成立中国微生物学会北京分会，成为合法的学术团体，并作为“科联”的正式成员参加科联的各项活动。
1980年，北京分会在市科协的领导下进行了人员调整，修改了学会章程，北京分会的名称按市民政局规定改为北京微生物学会。北京微生物学会是具有独立法人资格、非营利性的首都微生物科技工作者的社会团体，是北京市科学技术协会的组成部分，本学会目前已成立十届，挂靠在北京生物制品研究所有限责任公司。
第一届理事长（1954—1955年）为中国协和医院张宽厚教授，无秘书长；第二届理事长（1955—1956年）为北京医学院黎希干教授，无秘书长；第三、四届理事长（1956—1983年，1983—1987年）为北京生物制品研究所陈正仁所长，秘书长为北京生物制品研究所王用楫主任；第五届理事长（1987—1993年）为北京生物制品研究所章以浩所长，陈正仁为名誉理事长；第六、七、八届理事长（1993—1998年，1998—2003年，2003—2006年）为北京生物制品研究所赵铠所长，章以浩为名誉理事长，北京生物制品研究所张永福处长为第五、六届秘书长，北京生物制品研究所史德林处长为第七、八届秘书长；第九届理事长（2006—2012年）为北京生物制品研究所沈心亮所长，赵铠为名誉理事长，秘书长为北京生物制品研究所杜轶主任；第十届理事长（2012—至今）为北京生物制品研究所有限责任公司王玉琳总经理，赵铠为名誉理事长，秘书长为北京生物制品研究所有限责任公司李启明经理。
58年来学会队伍有了很大的发展，团体会员由14个发展到40个，学会理事会下现设办公室及工业微生物、农业微生物、医学微生物、兽医微生物4个专业委员会。
学会自成立以来共组织国内学术交流百余次，参加交流的科技人员数万人次，交流论文数百篇；组织国际及双边交流十余次，境外参加人员数十人次，境外交流论文数十篇；出版了论文集（内部）近10册、发表论文数百篇。其中获得北京市科协“先进学会、表扬学会”称号各3个（1989—2002年）； “科技周组织工作奖”3个（1998—2002年）；“北京青年学术演讲比赛优秀组织奖”1个（2006—2007年），“青年科技优秀论文评选活动优秀组织奖”4个（2003—2011年）等奖项，学会推荐的选手曾获得北京市科协举办的演讲比赛、优秀科技论文评选、摄影比赛一、二、三、鼓励奖（1999—2011年）；学会还承担了技术鉴定、课题研究、专业培训等社会职能工作；举办各类科普活动百余次。其中品牌活动是学术交流、科普讲座。有重要学术价值的论文是曾毅院士的“艾滋病的流行与控制策略”等。
北京微生物学会第十次会员大会 2012年4月13日 北京
前排左起第七人王玉琳，第五人赵铠院士
