1952年，福建省成立了中国微生物学会福州分会，会员主要包括当时在榕高校、医药卫生系统的部分微生物学、寄生虫学、病理学等专业的学者，在中国微生物学会的指导和支持下开展学术交流活动。1979年经福建省科协批准组建福建省微生物学会，成立新一届理事会，恢复了学会的组织和正常活动。从1952年福州分会成立至今，本会历经十届理事会，著名的微生物学家翁文渊教授、徐成荫教授、王岳教授、于恩庶教授、程元荣教授和严延生教授先后任历届理事会理事长。
福建省微生物学会在福建省科协、省民政厅的领导下，在中国微生物学会的指导和挂靠单位福建省微生物研究所的大力支持下，始终坚持正确的政治方向和办会宗旨，紧密团结全省微生物学科技工作者，倡导科学道德和优良学风，弘扬前辈科学工作者优秀品德，紧紧围绕提高学科发展水平、服务地方经济建设和促进社会发展的宗旨，开展各种形式的学术交流、科技咨询和科普宣传，努力拓展国际交流合作渠道，推进产学研协作，加快科技成果产业化；重点发挥福建地域特色和闽台“五缘”优势，积极开展闽台科技交流合作；努力培养和举荐优秀科技人才，取得了较好的成效。
福建省微生物学会重视学术平台建设和人才培养，两年一次的中青年学术会议已成为我省微生物学中青年科技人员的重要学术交流平台；学会依托各专业委员会，每年召开1-2次不同专业的学术会议；邀请国内外专家，定期或不定期举办各类技术培训班和学术讲座；发挥学会专家资源优势，搭建产学研联系平台，在学术活动中注重吸引企业参与，有的专业委员会直接挂靠企业，建立更为直接的联系桥梁，努力为地方经济建设服务。
福建省微生物学会积极组织会员参加中国微生物学会各专业委员会的全国性学术会议，并于1991年成功承办中国微生物学会第五次全国会员代表大会，2011年与福建省农业科学院共同承办了中国微生物学会第十次全国会员代表大会暨学术年会，得到中国微生物学会和与会代表的肯定和赞许，同时也推动了本学会的工作。福建省微生物学会还积极支持、办好中国微生物学会主办、福建省疾病预防控制中心承办的核心刊物《中国人兽共患病学报》。
福建省微生物学会始终坚持民主办会精神，加强自身建设。学会现有会员493人，目前下设七个专业委员会，分别是抗生素（微生物药物）专业委员会（挂靠福建省微生物研究所）、环境微生物专业委员会（挂靠泉州师范学院）、生物技术专业委员会（挂靠福建医科大学）、微生物与免疫学专业委员会（挂靠福建省疾控中心）、药用真菌专业委员会（挂靠福州东星生物技术有限公司）、应用微生物专业委员会（挂靠福建省农科院土壤肥料研究所）和食用菌专业委员会（挂靠福建省农科院食用菌所，1999年以该专业委员会为基础成立福建省食用菌学会）。学会充分发挥会员的积极性，努力探索新时期下创造性开展学会工作的新思路，做出新成绩，促进我省微生物学科发展，服务“海西”经济区建设。
福建省微生物学会第十次会员代表大会表彰优秀学会工作者 2007，12 . 泉州
福建省微生物学会药用真菌专业委员会每年举办迎春茶话会 2011，1. 福州
