湖北省微生物学会属于多学科、跨部门、人才荟萃、知识密集的生物科学学术团体。它的前身是中国微生物学会武汉分会，由姚克方、杜公振、高尚荫、陈华癸等8位著名微生物学家、病毒学家筹建，于1952年11月9日正式成立。姚克方任理事长，杜公振任副理事长，当时有会员45人。1961年，中国微生物学会武汉分会改称湖北省微生物学会，挂靠到原中国科学院武汉微生物研究所（现中国科学院武汉病毒研究所）至今。
湖北省微生物学会第一届理事会理事长高尚荫，副理事长陈华癸、叶宗藩；第二届理事会理事长高尚荫，副理事长陈华癸；第三届理事会理事长高尚荫，副理事长蔡宜权、宋兆锚、李阜棣、刘恭植；第四届理事会理事长高尚荫，副理事长蔡宜权、宋兆锚、李阜棣、刘恭植、丁达明；第五届理事会理事长高尚荫，副理事长蔡宜权、陈秀珠、喻子牛；第六届理事会理事长蔡宜权，副理事长丁达明、陈秀珠；第七届理事会理事长何添福，副理事长彭珍荣、喻子牛、王家玲、陈秀珠；第八届理事会理事长何添福，副理事长喻子牛、陈秀珠、彭珍荣、俞学峰；第九届理事会理事长张先恩，副理事长彭珍荣、喻子牛、郑岳臣、俞学峰；第十届理事会理事长张先恩，副理事长喻子牛、郑岳臣、胡远扬、袁志明、俞学锋。现任理事长袁志明，副理事长喻子牛、郑岳臣、吴建国、陈新文、杨晓明。
1961年学会下设工业、土壤、医学、病毒四个学组，目前发展为病毒学、医学微生物学、工业微生物学、农业微生物学、环境微生物学、真菌学、分析微生物学、畜牧兽医微生物学八个专业委员会，学会办公室、学术工作委员会、科技咨询开发工作委员会、普及与教育工作委员会四个办事机构。现有会员1500余人，其中中国微生物学会会员539人，团体会员5个。会员主要来自湖北地区的科研院所、大专院校、医疗卫生、厂矿企业等167个单位。
1960年前会员较少，活动不多；1961年至1965年活动比较活跃，曾先后组织了科研成果报告会，技术理论讨论会、读书心得交流会、国际国内学术座谈会90多次，参加人员1500余人次。1963年9月，高尚荫理事长作了“国际微生物学基础研究及其应用”的学术报告，在武汉地区首次介绍了微生物学科在工农业和医疗卫生事业中的作用和地位，听众300多人。
1966年至1976年因文化大革命，学会被迫停止了所有活动。1977年学会恢复活动，此后，为了适应形势发展需要，学会结合自身优势，围绕物质文明和精神文明建设开展了一系列活动：举办各类有特色和影响的学术研讨会230余次，参加人数35000人次；编印学术会议论文集230余册；举办各种培训班200多次，参加人数达20000余人；针对环境污染问题、各类烈性传染性疾病防控问题、食品安全问题及生物安全问题等等，组织专家为各级政府撰写科技工作者建议书近30余项，其中陈焕春院士和赵开弘教授撰写的“关于开展光合自养动物研究的建议”获得2010年《湖北省科技工作者优秀决策建议奖》。
六十年来，学会在传染病的预防和控制、生态环境的治理、生物杀虫剂的研究和推广应用、畜牧业集约化养殖病害的防治等领域取得了一系列重要成果，为我国的国民经济发展和社会进步起到不可替代的重要作用。学会所属的科普教育基地——中国病毒标本馆1998年被授予“湖北省及武汉市青少年科普教育基地”，2002年由中科院、共青团中央和全国少工委等单位联合授予“全国青少年走进科学世界科技活动示范基地”，该科普教育基地每年免费接待参观者近万人。该馆2004-2009年连续获得“湖北省科技活动周优秀活动奖”，目前为国家级病毒学科重要科普教育基地。1998年组织学会会员参加编写的科普系列丛书《生物圈里的隐身人——微生物与高新技术》（湖北科学技术出版社）2002年获“第四届湖北省优秀科普作品奖”科普图书类一等奖；60年来组织会员撰写科普文章50余篇发表在各类报刊和杂志。
1988年以来，学会连续获得武汉市科协先进学会、湖北省科协全省学会工作先进集体、中国科协“1999-2002年省级学会之星三连冠”、武汉市民政局“2002年-2006年武汉市先进社会团体”、湖北省科协“2010年全国科普日湖北省活动优秀组织奖”和“2011年湖北省全国科普日活动先进集体”。
60年来，在各级科协、中国微生物学会和挂靠单位的领导下，在历届理事长、理事和全体会员的共同努力下，学会不断发展和壮大，为我国微生物学及相关学科的发展及湖北的经济发展做出了重要贡献。
